当乙方提出回避申请后，甲方市场监督管理部门是否应停止调查，这个问题涉及到行政程序中的回避制度和调查权的行使。以下是我的详细解答：

首先，结论前置：乙方提出回避申请，并不意味着甲方市场监督管理部门必须立即停止调查。是否停止调查，需根据回避申请的审查结果及具体情况来决定。

分析说明：

1. 回避申请的提出与审查：

   • 乙方有权在认为存在可能影响公正处理的情况下，提出回避申请。
   • 甲方市场监督管理部门在收到回避申请后，应依法进行审查，包括审查回避申请的理由是否成立、是否存在需要回避的情形等。

2. 调查权的行使与暂停：

   • 在回避申请提出并正在审查期间，甲方市场监督管理部门可以根据具体情况决定是否暂停调查。
   • 如果回避申请的理由明显不成立，或者暂停调查可能严重影响公共利益或他人合法权益，甲方市场监督管理部门可以决定继续调查。
   • 如果回避申请的理由可能成立，且暂停调查不会对公共利益或他人合法权益造成严重影响，甲方市场监督管理部门可以决定暂停调查，待回避申请审查完毕后再决定是否恢复调查。

3. 法律程序与保障：

   • 无论是继续调查还是暂停调查，甲方市场监督管理部门都应依法进行，并确保调查程序的公正、公平和公开。
   • 乙方在提出回避申请的同时，也有权了解回避申请的审查进展和结果，以及调查程序的进展情况。

综上所述，乙方提出回避申请后，甲方市场监督管理部门是否应停止调查，需根据回避申请的审查结果及具体情况来决定。在审查期间，甲方可以根据实际情况决定是否暂停调查，但应确保整个调查程序的合法性和公正性。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。