擅自离岗扣百分之二十的工资是否合法，需要根据具体情况来判断。以下是详细的分析：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定：

   • 如果用人单位在劳动合同或规章制度中明确规定了擅自离岗属于严重违反规章制度的行为，并且该规章制度经过了民主程序制定、向劳动者公示或告知，那么用人单位可以依据规章制度扣除劳动者的工资。
   • 扣除的工资数额应合理，且一般不超过劳动者当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

2. 劳动合同或规章制度无明确约定：

   • 如果用人单位没有相关规章制度，或者规章制度的制定程序不合法，那么擅自离岗不能成为扣除工资的合法理由。
   • 劳动者有权要求用人单位支付足额工资，用人单位不得随意扣除。

3. 特殊情况：

   • 如果劳动者擅自离岗是因为不可抗力等不可归责于劳动者的原因，用人单位也不能扣除工资。

因此，擅自离岗扣百分之二十的工资并非一定合法，需要看用人单位是否有相关规章制度，并且该规章制度的制定程序是否合法，以及劳动者擅自离岗的具体原因。如果劳动者认为用人单位的扣除行为不合理，可以与用人单位协商解决，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。

希望这个解答能帮助你更好地理解这个问题。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。