公司使用农民工工资专户给员工发工资是合法的。但这一行为需要符合相关法规，并确保工资发放的透明、规范和合法。以下是对此问题的详细分析：
一. 农民工工资专户的性质与目的
农民工工资专户是施工总承包单位在工程建设项目所在地银行业金融机构开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。其设立旨在保障农民工工资的按时足额支付，维护农民工的合法权益。
二. 公司使用农民工工资专户发工资的合规性
工资定义与支付对象：
- 公司应确保所有通过该账户发放的工资均为农民工工资，且符合《保障农民工工资支付条例》中关于工资的定义。这意味着，如果公司决定使用农民工工资专户给所有员工（包括农民工和非农民工）发工资，理论上是可行的，但实际操作中需确保所有发放的工资均符合相关法规对农民工工资的定义。
资金管理与流转：
- 公司应遵守开户银行及相关法律法规的规定，不得将专用账户资金转入除本项目农民工本人银行账户以外的账户。这确保了资金的专款专用，防止了资金的挪用。
财务管理制度：
- 公司应建立完善的财务管理制度，确保工资发放的透明、规范和合法。这有助于维护公司的财务秩序，并避免潜在的法律风险。
三. 注意事项与建议
专款专用：
- 公司应确保农民工工资专户的资金专款专用，不得挪作他用。这是保障农民工工资权益的基本要求。
法律法规遵守：
- 公司应严格遵守相关法律法规，避免触犯法律红线。任何违规操作都可能导致严重的法律后果。
内部监督机制：
- 公司应建立健全内部监督机制，防止财务管理混乱和不规范行为的发生。这有助于提升公司的管理水平，并降低法律风险。
我的观点：虽然公司使用农民工工资专户发工资在理论上是合法的，但在实际操作中仍需谨慎对待。公司应确保所有通过该账户发放的工资均符合相关法规的要求，并建立健全的财务管理制度和内部监督机制。同时，公司也应积极与开户银行沟通协作，确保资金的安全和合规使用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。