公司不能仅因检察院免于起诉就开除员工。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。然而，检察院免于起诉并不属于被依法追究刑事责任的情形。因此，从这一条款来看，公司此时开除员工缺乏法律依据。

2. 公司规章制度：

   • 虽然公司可以根据自身规章制度对员工进行管理，但规章制度的制定和执行必须合法、合理。如果公司规章制度中明确规定了员工涉嫌犯罪即被视为严重违纪，且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，那么在员工确实涉嫌犯罪（即使最终未被起诉）的情况下，公司有可能依据规章制度开除员工。但这种情况较为特殊，需要公司规章制度有明确规定，并且员工的行为确实触犯了这些规定。

3. 综合判断：

   • 在实践中，公司是否能开除免于起诉的员工，需要综合考虑多种因素，包括员工的具体行为、公司的规章制度、相关法律法规以及社会舆论等。如果员工的行为并未严重违反公司规章制度，且公司没有合法合理的依据来开除员工，那么公司就不能仅凭检察院免于起诉的决定就开除员工。

4. 员工权益保护：

   • 如果公司无故开除免于起诉的员工，员工有权通过劳动仲裁等途径维权，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。因此，公司在做出开除决定时，必须谨慎考虑，确保自己的行为合法、合理。

综上所述，公司不能仅因检察院免于起诉就开除员工。在做出开除决定时，公司必须综合考虑多种因素，并确保自己的行为符合相关法律法规和公司规章制度的规定。如果员工认为自己被无故开除，有权通过法律途径维权。