即使现场检查没有发现违法，但如果申请人提交的证据确实可以证实有违法行为，那么相关机关依然可以依法进行处罚。具体分析如下：

一. 现场检查与证据认定

1. 现场检查的作用：现场检查是行政机关进行监管的一种方式，通过实地查看、询问等方式了解当事人的情况，但其结果并非绝对。现场检查未发现违法，不代表违法行为不存在。
2. 证据的效力：申请人提交的证据，如书面材料、视听资料等，如果经过合法、有效的收集，且能够清晰、明确地证明违法行为的存在，那么这些证据就具有法律效力，可以作为处罚的依据。

二. 法律依据

• 根据《行政处罚法》的相关规定，行政处罚必须基于事实清楚、证据确凿的原则。只要证据能够证明违法行为的存在，无论现场检查是否发现，行政机关都可以依法进行处罚。

三. 实例说明

• 例如，某环保部门对某企业进行现场检查，未发现其存在超标排放的违法行为。但随后，该企业周边的居民提供了该企业夜间偷偷超标排放的视频证据。在此情况下，尽管现场检查未发现问题，但居民提供的视频证据足以证明企业的违法行为，环保部门可以依法对企业进行处罚。

综上所述，现场检查未发现违法，并不妨碍行政机关根据申请人提交的有效证据对违法行为进行处罚。我建议相关机关在收到证据后，应依法进行审查，如证据确凿，应及时启动处罚程序，以维护法律秩序和公共利益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。