虚开发票的认定是由税务稽查部门和经侦部门共同参与的，但各有侧重。

一. 税务稽查部门的职责

1. 初步调查与认定：税务稽查部门主要负责对纳税人、扣缴义务人的税务情况进行全面检查和监督。在虚开发票的案件中，税务稽查部门会首先进行核查，包括发票与业务的真实性、资金流与票流的一致性、资金流向的异常等，这些都是判断虚开发票行为的重要依据。

   • 例如，税务稽查部门会发现某企业开具的发票与其实际经营业务不符，或者资金流动存在异常回流，这些都会作为虚开发票的初步线索。

2. 提供证据支持：税务稽查部门通过初步调查，为经侦部门提供线索和证据支持，为后续的刑事侦查奠定基础。

二. 经侦部门的职责

1. 深入侦查：经侦部门在接到税务稽查部门移送的线索后，会进行深入的刑事侦查。这包括调查购销关系的真实性、搜查与扣押相关证据、清查账册与凭证、调取税务证据以及讯问犯罪嫌疑人等。

   • 例如，经侦部门会深入调查开票方与受票方之间的实际交易情况，确认是否存在真实的购销关系，以及发票所记载的交易是否真实发生。

2. 追究刑事责任：经侦部门在查明犯罪事实后，会依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任，确保税收征管秩序和社会主义市场经济秩序的稳定。

三. 税务稽查与经侦的协作

税务稽查部门和经侦部门在虚开发票案件的查处过程中紧密合作，相互支持。税务稽查部门负责初步的税务检查和证据收集，为经侦部门提供基础；经侦部门则负责深入的刑事侦查和犯罪打击。两者相辅相成，共同构成了打击虚开犯罪的有力防线。

我建议：在实际操作中，如果发现虚开发票的行为，应首先向税务稽查部门进行举报或反映。税务稽查部门会进行初步的调查和认定，如果确认存在虚开发票的行为，会进一步移送经侦部门进行深入侦查和处理。因此，虚开发票的认定并非单一部门所能完成，而是需要税务稽查部门和经侦部门的共同努力和密切配合。如有进一步需要，您可以继续咨询我。