针对“违法占用野生鸟类栖息地由哪个部门处罚”的问题，结论如下：

一般由县级以上人民政府林业主管部门负责处罚。

分析说明：

虽然您提供的参考问题中提到了“农牧和科技局”对破坏水生野生动物主要生息繁衍场所的处罚，但这并不直接对应于野生鸟类栖息地的违法占用情况。野生鸟类通常属于陆生野生动物或林业资源的范畴，因此其栖息地的保护和管理一般归林业部门负责。

根据《中华人民共和国野生动物保护法》等相关法律法规，县级以上人民政府林业主管部门负责野生动物及其栖息地的保护、管理和监督工作。如果发现有违法占用野生鸟类栖息地的情况，这些部门有权依法进行查处和处罚。

特殊场景：

值得注意的是，如果违法占用行为涉及到其他特殊领域或部门（如自然保护区、国家公园等），则可能还需要相关特殊领域的管理部门协同处理。在这种情况下，具体的处罚部门可能会根据违法行为的性质和地点而有所不同。

行动建议：

如果您发现有人违法占用野生鸟类栖息地，建议及时向当地林业主管部门举报，并提供相关证据和线索，以便他们能够依法进行查处。同时，也可以关注当地政府部门发布的公告和通知，了解相关政策和法规的最新动态。