员工违反公司规章制度，公司在一定条件下可以扣除绩效工资。具体分析如下：

1. 合法扣除的前提：

   • 劳动合同或规章制度有明确规定：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工违反规章制度时可以扣除绩效工资，并且这些规定不违反法律法规，那么公司依据这些规定扣除绩效工资是合法的。
   • 规章制度需合法合理：公司的规章制度必须经过民主程序制定，内容合法合理，且向员工公示。如果规章制度中详细规定了绩效工资的扣除情形，并且这些规定符合法律要求，公司按照规章制度扣除绩效工资也是合法的。

2. 扣除的合理性：

   • 扣除绩效工资的行为应当公平、合理，不能让员工收入大幅减少，且扣除比例需合理。如果扣除行为显失公平或不合理，员工有权提出异议。

3. 员工的救济途径：

   • 如果员工认为公司扣除绩效工资的行为不合法或存在争议，首先可以尝试与公司进行沟通协商，了解扣除绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
   • 如果协商无果，员工可以向当地劳动行政部门进行投诉举报，请求政府部门介入调查处理。
   • 在某些情况下，员工还可以向劳动仲裁机构申请仲裁或者向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。

综上所述，员工违反公司规章制度时，公司可以在一定条件下扣除绩效工资，但这一行为必须严格遵守法律法规和劳动合同的约定，且扣除行为应当公平、合理。如果员工对公司扣除绩效工资的行为有异议，可以通过合法途径进行维权。