在遇到肇事车主垫付医疗费但对方不配合出具材料的情况时，车主可以采取以下步骤来维护自身权益：

首先，保留好所有垫付费用的凭证。这是非常重要的，因为这些凭证是后续处理此事的关键依据。包括但不限于医院缴费凭证、发票、转账记录以及医疗费用清单等。这些文件能够清晰地证明车主已经垫付了费用。

其次，尝试与对方进行沟通。车主可以通过短信、微信或其他方式，明确、清晰地向对方说明自己的立场和垫付情况，并要求对方配合出具相关材料或返还垫付金额。在沟通过程中，尽量保持冷静和理性，避免情绪化的言辞，以有助于双方达成理解和共识。同时，这些沟通记录也能作为后续协商或法律程序的辅助证据。

如果沟通无果，车主可以向事故处理部门（如交警大队）反映情况，并请求他们协助调解。事故处理部门通常具有一定的处理经验和手段，能够帮助双方更好地沟通和协商，促使对方配合处理此事。

最后，如果以上步骤均无法解决问题，车主可以考虑通过法律途径来解决争议。车主可以凭借之前收集的证据，向法院提起民事诉讼，要求对方返还垫付费用，并可能主张因此产生的利息等。在诉讼过程中，车主需要充分举证证明垫付费用的事实以及对方不配合的行为，法院将根据双方提供的证据进行公正审理并作出判决。

综上所述，面对对方不配合出具材料的情况，车主应保留好相关凭证、尝试沟通、寻求事故处理部门的协助，并在必要时通过法律途径来维护自身权益。在整个过程中，车主应保持冷静和理性，以合理合法的方式解决问题。