单位发放技能证书补贴的合法性主要取决于具体的政策规定和单位的执行方式。从您提供的参考信息来看，技能提升补贴政策是由政府推行的，旨在鼓励职工提升技能水平，且对补贴的申请条件、标准、方式等都有明确的规定。

合法性分析

1. 政策依据：技能提升补贴政策通常由政府相关部门（如人社部、省人社厅）制定并发布，具有明确的政策依据。单位按照政策规定发放补贴，是合法的。

2. 申请条件：补贴的申请条件通常包括申请人需为企业在职职工或领取失业保险金人员，且需满足一定的参保和缴费要求。单位在发放补贴时，应确保申请人符合这些条件。

3. 补贴标准：政策中明确规定了不同等级职业资格证书或职业技能等级证书的补贴标准。单位应按照这些标准发放补贴，不得随意更改。

4. 申请方式：政策中规定了线上和线下两种申请方式，并明确了所需提供的材料。单位应指导申请人按照规定的方式和材料进行申请。

注意事项

1. 政策调整：政策可能会根据实际情况进行调整，单位应及时关注政策变化，并确保按照最新政策执行。

2. 资金监管：单位在发放补贴时，应确保资金使用的合法性和合规性，避免出现滥用、挪用等情况。

3. 信息公示：部分政策要求单位在发放补贴后进行信息公示，以确保补贴发放的公开透明。

综上所述，单位按照政府制定的技能提升补贴政策发放补贴是合法的。但单位在执行过程中应严格遵守政策规定，确保补贴发放的合法性和合规性。同时，职工在申请补贴时也应了解并遵守相关政策规定，确保自己的权益得到保障。