物流行业向司机收取保证金是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一. 保证金收取的合法性判断
无法律明文禁止：目前我国法律并未明文规定物流行业不得向司机收取保证金。因此，从法律层面讲，物流行业向司机收取保证金并非绝对非法。
需符合相关法律规定：虽然法律没有明文禁止，但物流公司在收取保证金时，必须遵守《中华人民共和国民法典》中关于合同、押金、保证金等相关规定，确保收取行为合法、合理，且不得损害司机的合法权益。
需明确约定并告知：物流公司在收取保证金时，应与司机明确约定保证金的用途、退还条件及方式等，并确保司机充分知晓并同意。否则，可能构成对司机的不当限制或侵权。
二. 实际操作中的注意事项
避免变相收费：物流公司应确保收取的保证金并非变相的收费或押金，而是基于双方自愿、平等协商的基础上，为确保合同履行而设定的。
合理设定金额：保证金的金额应合理设定，不得过高或过低，以确保既能起到保障合同履行的作用，又不会给司机造成过大的经济负担。
及时退还：当合同终止或履行完毕后，物流公司应及时退还保证金，不得无故拖延或拒绝退还。
三. 结论与建议
综上所述，物流行业向司机收取保证金并非绝对非法，但需符合相关法律规定，并确保收取行为合法、合理。我建议物流公司在收取保证金时，应明确约定相关条款，确保司机充分知晓并同意，同时合理设定金额并及时退还。如有进一步需要，您可以继续咨询我。