公司辞退员工，辞退书写好了且已签名但不愿意盖公章，并不影响辞退书的法律效力，但建议公司规范操作流程，避免后续纠纷。下面对此进行详细分析：

一. 辞退书的法律效力

1. 签名的有效性：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的建立、变更、解除等都需要用人单位与劳动者双方协商一致，并以书面形式确认。辞退书作为解除劳动合同的一种书面形式，其上有双方的签名，即表示双方已就解除劳动合同达成一致，签名具有法律效力。
2. 公章的缺失：虽然公章是公司法人意志的体现，但在辞退书上，公章并非必须。只要辞退书的内容合法、双方签名真实，且符合劳动合同法的相关规定，即使没有盖公章，也不影响其法律效力。

二. 公司操作流程的建议

1. 规范操作：尽管没有盖公章的辞退书在法律上可能仍然有效，但为了避免后续可能出现的纠纷或误解，建议公司在辞退员工时，严格按照规范操作流程进行，包括在辞退书上加盖公章。
2. 保留证据：公司应妥善保存辞退书、员工签名确认的收据等相关证据，以备不时之需。

三. 员工权益的保障

1. 员工的知情权：公司在辞退员工时，应确保员工充分了解辞退的原因、依据以及后续的处理方式等，保障员工的知情权。
2. 经济补偿：如果公司辞退员工符合劳动合同法中规定的需要支付经济补偿的情形，公司应依法向员工支付经济补偿。

我建议：公司应尽快完善辞退员工的操作流程，包括在辞退书上加盖公章，以确保操作的规范性和合法性。同时，公司也应注重保障员工的合法权益，避免不必要的纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。