关于“代理费是业主给还是中标单位承担”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
结论前置
招标代理费的承担方式并非一成不变，而是取决于招标人与招标代理机构之间的合同约定。如果合同明确规定由中标单位承担，则按协议执行；如果合同没有明确规定，则通常由招标人（即业主）承担。
招标代理费的一般承担原则
招标人承担：根据相关法律法规及操作规范，招标代理费用一般由招标人与招标代理机构在签订合同时，依据既定标准，经双方充分协商及密切沟通之后，由招标人向招标代理机构予以支付。这是招标代理费用承担的一般原则。
中标人承担的可能性：然而，如果招标人与招标代理机构在合同中明确约定了招标代理费由中标人承担，并且这一约定不违反法律行政法规的强制规定，那么这一约定就是有效的，中标人需要按照合同约定支付招标代理费。
实务中的操作及法律依据
实务操作：在实务中，确实存在招标文件约定“招标代理费由中标人支付”的情况。这种支付方式的争论由来已久，但关键在于合同双方的约定是否合法、有效。
法律依据：根据《民法典》的相关规定，当事人可以约定由第三人向债权人履行债务。因此，招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付，属于“由第三人履行的合同”，不违反法律行政法规的强制规定，约定受法律保护。
可能的弊端及建议
弊端：由中标人支付招标代理费可能带来一些弊端，如未实现政府预期的市场调节价机制、对招标人来说存在廉政风险、招标人和招标代理机构将自身意志强加于潜在投标人等。
建议：为了优化营商环境、降低中标企业负担，建议招标人作为项目的实施者，应承担主体责任，主动承担招标代理费。同时，相关部门应出台制度，规定特别是国有投资项目实行谁委托谁付费制度，并明确约定招标代理费计算方法。
综上所述，招标代理费的承担方式取决于招标人与招标代理机构之间的合同约定。如果合同明确规定由中标单位承担，则中标单位需要按照合同约定支付；如果合同没有明确规定，则通常由招标人承担。在实际操作中，建议双方明确约定并遵守相关法律法规及操作规范，以避免不必要的纠纷和风险。