在招投标活动中，关于工程代理费用（即招标代理费）是否可以由中标人承担的问题，这并非一个固定答案，而是需要根据具体情况和招标文件中的约定来确定。以下是对这一问题的详细解答：

一、招标代理费的性质与产生

招标代理费是招标代理机构为提供专业服务，如编制招标文件、组织开标评标等所收取的费用。这笔费用是基于招标人与招标代理机构之间的委托关系产生的，与中标方无直接关系。然而，其承担方式并非固定不变，而是可以通过约定来调整。

二、法律法规的解读

1. 《中华人民共和国招标投标法》：该法并未明确规定招标代理费的具体承担主体，但确立了招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。这为招标代理费由谁支付提供了法律框架，即应在符合法律规定和市场规则的前提下，由招标人和中标人通过约定来确定。

2. 《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：最初规定招标代理服务费用应由招标人支付，但后续文件修改为“招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。”这一修改为招标代理费由中标人支付提供了政策依据。

3. 《政府采购代理机构管理暂行办法》：该办法规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应当包含代理费用，进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性。

三、招标文件与合同的约定

1. 招标文件规定：招标人在编制招标文件时，应明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。如果招标文件明确说明招标代理费由中标人承担，并且投标人参与投标即视为接受该条件，那么中标后中标人需按规定支付招标代理费。

2. 委托代理合同约定：招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，也可能约定由中标人支付招标代理费。这种约定是双方真实意思的表示，只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。

四、实际操作中的惯例与注意事项

1. 行业惯例：在实际操作中，除非招标文件有特别约定，否则招标代理费通常由招标人负责支付。然而，在某些行业或领域，由中标人支付招标代理费已经成为一种通行的做法，并被广泛接受和认可。

2. 注意事项：

   • 履行期限：中标人支付的招标代理费履行期限应当在招标人与中标人签订书面合同后。若招标文件要求支付的时间点在签订书面合同前，甚至在发出中标通知书前要求支付，这是不合法的。
   • 收费标准：招标代理服务收费实行市场调节价，双方应参考相关标准，并以实际服务的内容、质量要求、市场供需和物价变化为定价基础，结合招标项目规模、工程等级、技术难易程度以及服务深度等确定代理服务费额度。

五、总结与建议

综上所述，工程代理费用（招标代理费）是否可以由中标人承担，主要取决于招标文件中的约定以及相关法律法规的规定。在合法合规的前提下，如果招标文件明确说明由中标人承担，并且投标人接受这一条件，那么中标人支付招标代理费是被允许的。然而，无论哪一方承担费用，都应确保收费的合理性和透明度，符合国家相关法律法规的规定。

因此，建议您在参与招投标活动时，仔细阅读招标文件中的相关条款，了解招标代理费的支付方式和金额等关键信息。如果您对招标文件中的约定有疑问或需要进一步的解释，可以及时向招标人或招标代理机构咨询，以确保您的权益得到保障。