关于“加班费劳动合同有约定按基本工资算合法吗”这个问题，我不能给出一个绝对的答案，因为它取决于具体的情况和法律规定。以下是我根据相关法律法规和常见法律实践，为您提供的详细分析：

1. 一般情况下的不合法性：

   • 根据劳动法规定，加班费的计算基数通常应按照劳动者正常工作时间工资来确定，这包括了基本工资、岗位津贴等固定发放的货币性收入。
   • 如果劳动合同仅约定以基本工资作为加班费计算基数，而忽略了其他固定发放的货币性收入，那么这种计算方式可能不合法，因为它可能导致劳动者实际获得的加班报酬低于法定标准。

2. 特定情况下的合法性：

   • 如果劳动合同明确约定了加班费计算基数为基本工资，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时基本工资不低于当地最低工资标准，那么这种约定在法律上可能被视为有效。
   • 但需要注意的是，即使有这样的约定，如果实际执行中用人单位支付的加班费仍然低于法律规定的比例（如延时工作支付不低于工资的150%，休息日工作支付不低于工资的200%，法定休假日工作支付不低于工资的300%），那么这种支付方式仍然是不合法的。

3. 实际操作中的建议：

   • 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查关于加班费计算基数的约定，确保自己的合法权益得到保障。
   • 如果发现用人单位在计算加班费时存在违法行为，劳动者有权要求按照实际工资收入作为加班费计算基数，并可以通过协商、劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。

综上所述，加班费劳动合同有约定按基本工资算是否合法，需要根据具体情况来判断。如果劳动合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，或者实际执行中支付的加班费低于法律规定的比例，那么这种计算方式就是不合法的。因此，劳动者在签订劳动合同时应谨慎审查相关条款，并在必要时寻求法律援助来维护自己的合法权益。