农村灌溉农田使用井水是否需要交水费，以及这一行为是否合法，取决于具体的取水方式、取水量及当地政策规定。以下是对这一问题的详细分析：
缴费与合法性的原则：
- 根据《取水许可和水资源费征收管理条例》及《中华人民共和国水法》，利用取水工程或设施直接从江河、湖泊或地下取用水资源的单位和个人，原则上应申请取水许可证并可能需缴纳水资源费。这一规定旨在加强水资源管理，确保水资源的可持续利用。
- 然而，为支持农业发展，国家对农业生产取水有相应的优惠政策，特别是针对规定限额内的农业生产取水，可能会免征水资源费。
具体分析：
- 需要缴费的情况：如果农田灌溉用水是通过自建取水设施直接从地下大量取水，且取水量超过了当地规定的农业生产取水免征限额，那么根据相关法律法规，是需要缴纳水资源费的。这种情况下，缴费是合法的，也是水资源管理的必要措施。
- 免征或不需要缴费的情况：对于小型农户或家庭农场，如果其灌溉用水是通过当地农田水利设施从地下取水，且取水量在免征限额内，或者当地政策有特别规定对农业生产取水给予优惠，那么他们可能无需缴纳水资源费。这种情况下，不缴费也是合法的，符合国家对农业生产的支持政策。
地区差异与咨询建议：
- 由于不同地区的水资源状况、经济发展水平和政策导向不同，水资源费的征收标准和方式可能有所差异。因此，在实际操作中，建议农户或农业企业咨询当地水行政主管部门或相关机构，了解具体的缴费要求、流程和免征政策。
我建议，农户或农业企业在使用井水灌溉农田时，应首先了解当地的水资源费征收政策和免征条件，以确保自己的取水行为符合法律法规要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。