店里是否需要知道营业执照以办理健康证，主要取决于所从事的行业及健康证的类型，但通常情况下，老板是会知道的。具体分析如下：

一、特定行业健康证与营业执照的关联

1. 适用场景与要求：在食品经营、公共场所等特定行业中，从业人员需办理与健康状况相关的特定行业健康证。由于这些行业直接关系到公众的健康安全，因此有严格的监管要求，通常需要营业执照作为办理健康证的辅助材料。

   • 例如，一家食品店的新员工需要办理健康证，那么该员工在办理过程中很可能需要提供店铺的营业执照副本复印件。

2. 店主的知晓与参与：在这种情况下，店主或店方通常需要参与到健康证的办理过程中，提供必要的执照信息或复印件。因此，对于这些特定行业而言，老板是知晓员工使用其营业执照办理健康证的。

二、普通健康证与营业执照的无直接关联

1. 适用场景：普通健康证通常适用于个人因自身需求（如出国、入学等）而办理的情况，并不与特定的经营活动挂钩。

2. 办理流程：由于普通健康证不涉及具体的经营活动，因此在办理过程中通常不需要提供营业执照等证明材料。老板因此可能不会直接知晓员工是否办理了普通健康证。

三、综合分析与建议

• 在特定行业中，由于健康证与营业执照的紧密关联，老板通常会知晓并参与到员工健康证的办理过程中。
• 对于普通健康证，虽然老板可能不直接涉及办理过程，但建议员工在办理前仍与老板进行沟通，明确各自的责任与义务，以避免后续可能出现的矛盾或纠纷。
• 我建议：无论对于特定行业还是普通健康证，老板和员工之间都应保持良好的沟通，确保员工健康证的有效性和合规性，同时遵守相关法律法规，确保公共卫生安全。

综上所述，对于特定行业而言，老板通常会知晓员工使用其营业执照办理健康证；对于普通健康证，老板可能不直接知晓，但建议双方进行沟通。如有进一步需要，您可以继续咨询我。