本项目采购代理服务费由每包中标人向采购代理机构予以支付，在符合特定条件的情况下是合法的。以下是详细分析：

1. 法律法规基础与约定有效性：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规，招标代理机构有权依法收取代理费用，且该费用通常应由招标人支付。但法律并未绝对禁止招标人与中标人之间就代理费用的支付达成特别约定。
   • 若招标文件或合同中明确规定了采购代理服务费由每包中标人支付，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的，即中标人支付代理服务费是合法的。

2. 实践中的通常做法与灵活性：

   • 在实践中，虽然招标人通常是代理服务费的支付主体，但也存在由中标人支付的情况，特别是当双方有明确约定时。
   • 这种灵活性体现了市场交易的自主性和双方当事人的意思自治。

3. 合法性的关键要素：

   • 明确约定：招标文件或合同中必须清晰、无歧义地规定由中标人支付代理服务费。
   • 不违反法规：该约定不得违反法律法规的强制性规定，如不得存在欺诈、胁迫等违法情形。
   • 公平合理：支付代理服务费的约定应公平合理，不应显失公平或损害中标人的合法权益。

4. 风险与建议：

   • 招标人在制定招标文件时，应明确代理服务费的支付主体和方式，以避免后续纠纷。
   • 中标人在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，确保自身权益不受损害。
   • 如遇纠纷，双方应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

综上所述，本项目采购代理服务费由每包中标人向采购代理机构予以支付，在招标文件或合同中有明确约定，且不违反法律法规的强制性规定和公平原则的情况下，是合法的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。