首先，我们需要明确一点：在体制内，通过“搞关系”来获取某种利益或特权是违背职业道德和可能触犯法律的行为。现在，针对你的问题“搞关系体制内被发现没收工资违法吗”，我们可以从以下几个方面进行分析：
违法性判断：
- 如果“搞关系”涉及到贪污、受贿、滥用职权等违法犯罪行为，并且这些行为被证实，那么不仅可能会面临没收工资的处罚，还可能会受到法律的制裁，包括但不限于刑事处罚。
- 如果“搞关系”并未构成违法犯罪，但违反了单位内部的规章制度或职业道德规范，单位可能会根据相关规定对当事人进行纪律处分，其中包括没收工资或奖金等经济处罚。
没收工资的合法性：
- 单位对员工的经济处罚，如没收工资，必须基于合法的规章制度，并且处罚程序应当公正、公开、合法。
- 如果单位没有合法的规章制度作为依据，或者处罚程序存在瑕疵，那么没收工资的行为本身就是违法的。
建议与措施：
- 如果你或你身边的人面临这样的情况，建议首先咨询单位内部的法务部门或工会，了解具体的规章制度和处罚程序。
- 如果认为单位的处罚行为不合法或不合理，可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，“搞关系”体制内被发现是否没收工资违法，取决于具体的行为性质和单位的规章制度。如果行为构成违法犯罪，那么没收工资只是处罚的一部分，还可能面临更严重的法律后果。如果行为并未构成违法犯罪，但违反了单位规定，那么单位应当依据合法的规章制度进行处罚。在任何情况下，都应当遵守法律法规和职业道德规范，避免通过不正当手段获取利益。