劳务派遣公司的费用通常由用工单位承担。具体分析如下：

在劳务派遣关系中，劳务派遣单位（即用人单位）与用工单位之间会签订劳务派遣协议。根据《劳动合同法》的相关规定以及劳务派遣的实践，这份协议中应当明确劳动报酬、社会保险费的数额和支付方式，同时也包括劳务派遣服务费的相关内容。由于用工单位实际使用了劳动者的劳动，并因此获得了经济效益，所以一般情况下，是由用工单位按照劳务派遣协议的约定，向劳务派遣单位支付包含服务费在内的各项费用。

然而，这并非绝对。如果劳务派遣单位和用工单位在协议中有特别的约定，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么就应当按照约定执行。例如，双方可以约定服务费的支付方式、时间或者具体数额等，但这些约定不能违背法律对于劳动者权益的保障条款。

综上所述，劳务派遣公司的费用一般由用工单位承担，但具体承担方式可能会因劳务派遣单位与用工单位之间的约定而有所不同。如果双方对此有争议，应当首先查看劳务派遣协议中的相关约定，并依据法律法规进行裁决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。