公司在停运期间按日发工资并不直接构成违法，但具体是否违法需结合实际情况判断。

首先，根据我国《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这意味着，如果公司在停运期间仍然按照劳动合同约定的标准支付员工工资，无论是按月还是按日发放，通常都是合法的。

然而，如果公司与员工在劳动合同中有特别约定，比如停运期间的工资支付方式或金额，并且双方已经达成共识，那么公司应当按照协议进行操作。如果公司未按照约定支付工资，就可能构成违法。

此外，如果公司在停运后未能依法按时支付员工薪资，即使是按日发放，也属于违法行为。在这种情况下，员工可以依据《劳动合同法》等相关法律规范，向公司索要欠付的薪水，并可能同时争取经济赔偿。

综上所述，公司在停运期间按日发工资是否违法，主要取决于其行为是否符合法律法规及劳动合同之约。如果公司有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。