约定加班工资通过年终奖支付是违法的。

在我国，根据《劳动法》和相关规定，加班工资是劳动者因超出正常工作时间而获得的报酬，其支付应当明确、及时，并且不能与其他福利待遇相混淆。年终奖则是用人单位根据自身的经营状况、员工的表现以及公司的规章制度等因素，在年底给予员工的一种奖励，它属于员工的福利待遇范畴，与加班工资有本质的区别。

将加班工资通过年终奖支付，实际上是在规避法律对于加班工资支付的规定，损害了劳动者的合法权益。因为年终奖的发放往往受到公司经营状况、员工表现等多种因素的影响，具有不确定性，而加班工资则是劳动者因付出额外劳动而应当获得的确定报酬。

因此，用人单位应当严格按照法律规定支付加班工资，不能将加班工资与年终奖等其他福利待遇相混淆。如果用人单位存在这样的行为，劳动者可以向劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。

总的来说，约定加班工资通过年终奖支付是违法的，用人单位应当遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。