关于您提出的“以不加班为理由扣员工年终奖金是否合法”的问题，这同样需要我们从公司的具体规定、劳动合同中的相关条款，以及这些规定和条款是否符合《中华人民共和国劳动法》等法律法规的要求来进行综合分析。

首先，我们要明确的是，年终奖金与全勤奖在性质上虽有所不同，但判断其扣除的合法性时，所依据的法律原则和逻辑是相似的。年终奖金通常是公司根据员工的工作表现、公司业绩或特定条件而给予的一种奖励，其发放条件和标准也应在公司规章制度或劳动合同中明确规定。

1. 加班的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，加班需与工会和劳动者协商一致，且不得违反每日及每月的加班时间限制。这意味着，劳动者有权拒绝未经协商的加班要求。

2. 年终奖金的性质与扣除条件：

   • 年终奖金的发放应基于公司规章制度或劳动合同中的明确规定。如果这些规定中并未将“不加班”作为扣除年终奖金的条件，或者该规定违反了法律法规（如侵犯了劳动者的合法权益），则公司不能仅凭员工不加班就扣除其年终奖金。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 尽管存在某些特殊情况（如自然灾害、事故等紧急情况，或生产设备故障等必须及时抢修的情形）下，用人单位可以不受加班时间限制地安排加班，但这并不意味着公司可以因此扣除员工的年终奖金。除非公司规章制度或劳动合同中有明确且合法的规定，将此类情况下的不加班与年终奖金的扣除相挂钩。

4. 劳动者的权益保护：

   • 如果劳动者认为公司不合理地扣除了年终奖金，应首先与公司进行沟通协商，要求其纠正违法行为。
   • 若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综合判断： 以不加班为理由扣员工年终奖金的合法性，主要取决于公司的具体规定、劳动合同中的相关条款，以及这些规定和条款是否符合法律法规的要求。公司不能仅凭内部规定就随意扣除员工的年终奖金，而必须确保规定的合法性、公平性和公正性。同时，劳动者也应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护自己的权益。