公司以员工上班玩手机为由扣年终奖金是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度明确规定上班玩手机属于严重违反规章制度的行为，且该行为与扣发年终奖金有直接关联，同时该规章制度经过民主程序制定并公示，那么公司扣发年终奖金的行为可能是合法的。

   • 法律依据与解释：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。若公司规章制度符合上述要求，且明确规定了上班玩手机等违反规章制度的行为与扣发年终奖金的关联，则公司行为可能合法。
   • 建议：员工应仔细查阅公司规章制度，确认其中是否有关于上班玩手机与扣发年终奖金的明确规定，以及该规定是否经过民主程序制定并公示。

2. 若公司规章制度未明确规定上班玩手机与扣发年终奖金的关联，或者该规章制度未经民主程序制定并公示，那么公司扣发年终奖金的行为可能是不合法的。

   • 法律依据与解释：同样根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，若公司规章制度未经过民主程序制定并公示，或者未明确规定上班玩手机与扣发年终奖金的关联，则公司不能仅凭员工上班玩手机就扣发其年终奖金。年终奖金属于劳动报酬的一部分，公司无权随意扣发。
   • 建议：员工可以与公司协商，要求公司说明扣发年终奖金的具体依据。若公司无法提供合法依据，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 员工在日常工作中应遵守公司规章制度，避免因个人行为导致不必要的纠纷。
• 若公司规章制度存在不合理或违法之处，员工可以通过合法途径提出异议，并要求公司进行修改。
• 在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，如公司规章制度、工资条、扣发通知等，以便在需要时提供证明。

总结：公司以员工上班玩手机为由扣年终奖金是否合法，取决于公司规章制度的具体内容以及该制度是否经过民主程序制定并公示。员工在遇到此类情况时，应仔细查阅公司规章制度，了解自己的权益，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。