公司以员工不加班为由影响年终奖的发放，通常是违反法律法规的。下面我从几个角度为你详细分析：
法律法规层面
加班自愿原则：根据我国《劳动法》的相关规定，加班必须建立在双方自愿的基础上。公司不能强制员工加班，更不能以不加班为由对员工进行处罚，包括影响年终奖的发放。
年终奖的性质：年终奖是劳动收入的一部分，其发放应当基于员工的工作绩效、贡献等因素进行合理评估，而非仅仅依据是否加班这一单一标准。公司如果仅以不加班为由减少或取消年终奖，可能违反了公平、合理的原则。
公司规章制度层面
规章制度的合法性：如果公司规章制度中明确规定不加班即扣年终奖，但该制度未经民主程序制定（如未经过职工代表大会或全体职工讨论）并向员工公示或告知，则该制度不具备法律约束力。员工有权拒绝执行此类不合理的规定。
规章制度的合理性：即使公司规章制度经过了民主程序制定并公示，但如果其内容显失公平或不合理（如仅以加班作为年终奖发放的唯一标准），也可能在劳动争议中被认定为无效或部分无效。
实际操作建议
搜集证据：如果你认为公司以不加班为由影响年终奖的发放是不合理的，建议你搜集相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以证明你的主张。
投诉或仲裁：你可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其对公司的违法行为进行调查和处理。或者，你也可以选择申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设你是一名员工，公司规定只有加班的员工才能获得全额年终奖。然而，你因为个人原因无法加班，公司因此决定减少你的年终奖。在这种情况下，你可以先与公司沟通，表达你的不满和理由。如果公司坚持其决定，你可以搜集相关证据，并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，公司以员工不加班为由影响年终奖的发放是违法的。如果你遇到了类似的问题，不要犹豫，及时采取措施维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。