投标价直接在总价上面下浮，代理公司应首先判断下浮后的价格是否合理，并依据相关法律法规和招标文件规定进行处理。以下是对此问题的详细分析：

一. 判断下浮后的价格合理性

1. 与成本价对比：代理公司需审查下浮后的投标价是否仍高于投标人的成本价。根据《中华人民共和国招标投标法》第三十三条，投标人不得以低于成本的报价竞标。若下浮后的价格明显低于成本，可能涉及不正当竞争或影响项目质量，应进一步核实并要求投标人提供成本分析报告。

2. 与市场价格对比：同时，代理公司还需将下浮后的价格与市场价格进行对比，判断其是否合理。若价格过高或过低，都可能影响招标的公平性和项目的顺利实施。

二. 依据法律法规和招标文件规定处理

1. 初步评审：在评标阶段，代理公司应依据招标文件的规定对投标价进行初步评审，检查投标文件格式、签字盖章等是否符合要求，并对单价与总价的一致性进行审查。如下浮后的总价与单价存在不一致，应要求投标人进行澄清或修正。

2. 详细评审：在详细评审阶段，代理公司应综合考虑下浮后的价格与其他评审因素（如技术方案、业绩、信誉等）的匹配性。若下浮后的价格明显不合理，且投标人无法提供合理解释，评标委员会可依据招标文件规定对投标作相应处理，如扣分、废标等。

3. 与投标人协商：若下浮后的价格虽不合理，但并未违反法律法规和招标文件规定，代理公司可与投标人进行协商，探讨价格调整的可能性。达成一致意见后，可签订补充协议明确调整后的价格。

4. 依据合同条款处理：若招标文件中已明确价格调整的相关条款，代理公司应依据合同条款进行处理。若投标人拒绝调整，代理公司可考虑依据合同条款追究其违约责任。

5. 法律途径：若协商无果，且下浮后的价格涉及违反法律法规或损害其他投标人利益，代理公司可考虑通过法律途径解决，维护招标的公平性和项目的顺利实施。

综上所述，代理公司在处理投标价直接在总价上面下浮的问题时，应综合考虑法律法规、招标文件规定以及实际情况，采取合理、合法的措施进行处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。