员工未登记但已发工资的情况下，需确认劳动关系及工资支付的有效性。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 劳动关系的确认

1. 实际用工为标准：根据《中华人民共和国劳动合同法》第七条，劳动关系的建立以实际用工为标准。即使员工未进行登记，但如果已经实际为用人单位提供了劳动，那么劳动关系即已建立。
2. 登记非必要条件：员工登记通常是用人单位内部管理流程的一部分，但它并不是劳动关系建立的必要条件。因此，未登记并不影响劳动关系的存在。

二. 工资支付的有效性

1. 工资支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位有支付工资的法定义务，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要员工提供了劳动，用人单位就必须支付工资，无论员工是否登记。
2. 支付方式的灵活性：工资支付并不一定要通过员工登记来进行。用人单位可以通过其他方式，如银行转账、现金支付等，来履行支付工资的义务。

三. 后续处理建议

1. 完善内部管理：虽然未登记不影响劳动关系的存在和工资支付的有效性，但用人单位仍应完善内部管理流程，确保员工信息的准确性和完整性。
2. 沟通确认：建议用人单位与员工进行沟通，确认工资是否已经收到，并了解未登记的原因。如果是因为用人单位的疏忽导致员工未登记，应及时进行补登记。
3. 合规性检查：用人单位应定期进行合规性检查，确保所有员工的工资支付都符合法律法规的要求，避免潜在的法律风险。

我建议：用人单位在支付工资时，应确保支付方式的合法性和有效性，并尽量完善内部管理流程，以避免因管理不善而带来的法律风险。同时，员工也应关注自己的工资支付情况，如有异议应及时与用人单位沟通解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。