员工请假并不一定是优先在加班的工时内扣，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同的具体约定。下面我分几种情况来详细解释：

1. 公司规章制度有明确约定：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了请假与加班工时的抵扣方法，并且这些规定是合法、有效的（即经过了民主程序制定，且向员工公示或告知），那么公司可以按照这些规定来执行。在这种情况下，员工请假时可能会优先扣除加班工时。

2. 公司规章制度无明确约定：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中没有明确规定请假与加班工时的抵扣关系，那么公司就不能擅自决定优先扣除加班工时。员工请假时，公司应当按照正常的请假流程来处理，而不应与加班工时挂钩。

3. 法律层面的考量：

   • 从法律角度来看，加班工时是员工为获得额外报酬而付出的额外劳动时间，它应当与员工的正常工作时间区分开来。因此，除非有明确的约定或规定，否则公司不能随意将请假与加班工时进行抵扣。

4. 员工的权益保护：

   • 如果公司擅自决定优先扣除加班工时，可能会损害员工的合法权益。员工可以尝试与公司进行协商解决，若无法达成共识，可以搜集相关证据（如考勤记录、加班申请记录等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，员工请假是否优先在加班的工时内扣，取决于公司的规章制度和劳动合同的具体约定。如果对此有疑问或不满，建议员工及时与公司沟通，并必要时寻求法律途径来维护自己的权益。