工伤员工在未经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认的情况下，单位可以拒绝其延长停工留薪期的申请。以下是详细分析：

一. 停工留薪期的规定

• 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
• 停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。

二. 延长停工留薪期的条件

• 工伤员工若需延长停工留薪期，必须满足“伤情严重或者情况特殊”的条件，并且这一条件需要由设区的市级劳动能力鉴定委员会进行确认。

三. 单位拒绝延长的情形

• 未经确认的情况：如果工伤员工未经设区的市级劳动能力鉴定委员会的确认，就提出延长停工留薪期的申请，单位有权拒绝。因为延长停工留薪期需要专业的医疗和劳动能力鉴定机构进行评估和确认，以确保其合理性和必要性。
• 已确认但不符合条件：即使经过了劳动能力鉴定委员会的确认，如果工伤员工的情况并不符合延长停工留薪期的条件（如伤情已恢复或不再需要长期治疗），单位同样可以依据相关规定拒绝其申请。

四. 实例说明

• 例如，某工伤员工在停工留薪期即将结束时，认为自己的伤情仍未完全恢复，需要继续治疗并延长停工留薪期。然而，他并未按照程序向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出延长申请并获得确认。在这种情况下，单位有权拒绝其延长停工留薪期的请求。

综上所述，工伤员工在未经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认的情况下，单位可以拒绝其延长停工留薪期的申请。这是基于《工伤保险条例》的相关规定以及确保工伤员工合理享受工伤待遇和单位合法权益的考虑。如有进一步需要，您可以继续咨询我。