违约金和未付工程款在法律上并不能直接相互抵扣。下面我将对此进行详细分析：

一. 违约金与工程款是两种不同性质的款项

• 工程款是合同约定的应付款项，是承包人完成工程后应得的报酬。
• 违约金则是一方违约时，根据合同约定或法律规定应支付给另一方的惩罚性款项。

二. 法律依据明确规定了两者的独立性

• 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定违约金，且违约金的支付并不免除违约方继续履行债务的义务。这意味着，即使违约方支付了违约金，仍需支付未付的工程款。
• 同时，《中华人民共和国民法典》第五百六十八条也规定了债务抵销的条件，即债务的标的物种类、品质需相同。工程款与违约金的性质不同，因此不能直接抵销。

三. 实际操作中的处理方式

• 在司法实践中，如果原告起诉被告未付工程款，而被告同时起诉原告延期违约金，法院通常会分别审理这两个诉求，并根据证据和法律规定作出判决。
• 判决结果可能是被告需要支付未付的工程款，并可能同时需要支付因延期而产生的违约金。这两笔款项是分别计算的，不会直接相互抵扣。

综上所述，违约金和未付工程款在法律上不能直接相互抵扣。法院会分别审理这两个诉求，并根据实际情况作出判决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。