在货物买卖合同纠纷中，被告要求直接抵扣逾期交货违约金而不经过反诉，法院通常不会直接在判决书中进行抵扣，但具体处理方式需视情况而定。以下从不同角度进行分析：
诉讼程序的角度：
- 在民事诉讼中，反诉是一个独立的诉讼请求，它要求被告向原告提出与本诉有牵连的独立的反请求。如果被告希望抵扣逾期交货违约金，这实际上是一个独立的诉讼请求，应当通过反诉的方式提出。法院在审理本诉时，一般不会主动将未经反诉提出的抵扣请求纳入审理范围，并直接在判决书中进行抵扣。
- 例外情况：如果双方当事人在诉讼过程中就抵扣事宜达成了一致意见，并愿意在法院的主持下进行调解，那么法院可以在调解书中对抵扣事宜进行确认和处理。但这种情况并不等同于法院直接在判决书中进行抵扣。
实体法律的角度：
- 逾期交货违约金是合同双方约定的，因一方逾期交货而应向另一方支付的违约金。它属于合同违约责任的一种形式，其支付与否、支付金额等均应依据合同的约定和法律的规定来确定。
- 如果被告希望抵扣逾期交货违约金，那么它需要证明自己享有相应的债权（即原告应向其支付的款项），并且该债权与原告要求其支付的逾期交货违约金之间存在法律上的牵连关系（如基于同一合同关系产生的相互债务）。然而，即使存在这样的债权和牵连关系，被告也需要通过反诉或另行起诉的方式来主张抵扣，而不是直接在答辩中要求法院进行抵扣。
实际操作的角度：
- 在诉讼过程中，如果被告认为原告应向其支付款项，并且希望与逾期交货违约金进行抵扣，那么被告可以在答辩中提出这一主张，并说明理由。但法院在审理时，通常会要求被告就抵扣事宜另行提起反诉或另行起诉，以便对双方的权利义务进行全面、公正的审理和判决。
- 如果被告未提起反诉或另行起诉，而只是要求在判决书中直接抵扣逾期交货违约金，那么法院很可能会拒绝这一请求，并告知被告应通过正当的法律程序来主张自己的权利。
建议：
- 如果您是被告，并且希望抵扣逾期交货违约金，那么建议您在答辩的同时提起反诉，明确提出抵扣的请求和理由，并提供相应的证据材料。
- 如果您是原告，并且对被告提出的抵扣请求有异议，那么您可以在答辩中明确表示反对，并说明理由。同时，您也可以准备相应的证据材料来支持自己的观点。
在处理此类纠纷时，务必遵循法律程序，确保自己的权益得到充分保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。