结论前置：

1. 若合同中有明确约定且符合法律规定，发包方可以要求扣减逾期违约金。
2. 若合同无约定或约定违法，发包方则无权直接扣减，但可通过法律途径主张权利。

详细分析：

一、合同有明确约定且合法的情况

在建设工程合同中，双方通常会就工程款的支付时间、方式以及逾期支付的违约责任进行明确约定。若合同中明确规定了承包方逾期完工或逾期提交结算资料等情形下，发包方有权扣减一定比例的工程款作为逾期违约金，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则发包方在承包方起诉要求支付工程款时，有权依据合同约定要求扣减相应的逾期违约金。

法律依据：

• 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。”

二、合同无约定或约定违法的情况

1. 合同无约定：若合同中未就逾期违约金进行明确约定，发包方则无权直接扣减工程款作为逾期违约金。此时，发包方若认为承包方存在逾期行为并给其造成了损失，应通过协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径主张权利，要求承包方承担相应的赔偿责任。

2. 约定违法：若合同中关于逾期违约金的约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或违背了公序良俗，如约定的违约金过高或过低，显失公平，则该约定可能被认定为无效。在此情况下，发包方同样无权直接扣减工程款作为逾期违约金，而应通过法律途径解决争议。

法律依据：

• 《中华人民共和国民法典》第一百四十三条：“具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。”
• 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条第二款：“约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”

建议：

作为发包方，在面对承包方起诉要求支付工程款时，应首先审查合同中关于逾期违约金的约定是否合法有效。若约定合法有效，且承包方确实存在逾期行为，则有权依据合同约定要求扣减相应的逾期违约金。若合同无约定或约定违法，则应通过法律途径主张权利，避免直接扣减工程款引发新的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。