公司不能直接从另一名员工工资中扣除其亲属多发的工资。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律分析

1. 不当得利应返还：根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。这意味着，如果员工因其亲属关系多发了工资，这部分多发的工资属于不当得利，公司有权要求该员工返还。
2. 不能直接从他人工资中扣除：然而，公司并不能直接从另一名员工（即该员工的亲属）的工资中扣除这部分多发的工资。因为每名员工的工资都是其个人劳动所得，受到法律的保护，公司无权擅自扣减。

二. 处理建议

1. 与公司沟通：首先，建议多发工资的员工与公司进行沟通，明确多发工资的原因，并协商解决方案。如果确实属于误发，员工应主动配合公司进行返还。
2. 正规途径解决：如果公司坚持要从另一名员工工资中扣除，或者双方无法就返还事宜达成一致，建议通过法律途径解决争议，如申请劳动仲裁或提起诉讼。

三. 总结

公司不能直接从另一名员工工资中扣除其亲属多发的工资。正确的做法是多发工资的员工与公司进行沟通，协商解决方案，并通过正规途径解决争议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。