三方协议和实习证明上面盖的章不是一个单位，这种情况在实践中是可能存在的，但具体是否可行需根据具体情况分析。
- 从法律角度解读：
- 三方协议通常是由学校、学生以及用人单位三方共同签订的，用于明确各方在实习过程中的权利和义务。它主要规范的是实习期间的法律关系，包括实习时间、岗位、待遇等。
- 实习证明则是由实际提供实习机会的用人单位出具的，用于证明学生已经完成了在该单位的实习，并且表现如何。
因此，从法律上讲，三方协议和实习证明虽然都涉及实习过程，但它们的性质和目的不同，盖章的单位也可能因此不同。
可能的情况分析：
- 情况一：如果学生在A单位实习，但由B单位（如劳务派遣公司）代为管理或签订三方协议，那么三方协议上可能会盖B单位的章，而实习证明上则会盖A单位的章。这种情况下，只要各方关系清晰，且学生确实在A单位完成了实习，那么这种盖章方式是可以接受的。
- 情况二：如果三方协议上的盖章单位与学生实际实习的单位不一致，且这种不一致没有合理的解释或依据，那么可能会引发法律纠纷或争议。例如，学生可能在C单位实习，但三方协议上却盖了D单位的章，这种情况下，学生的权益可能会受到损害。
建议与注意事项：
- 在签订三方协议和获取实习证明时，学生应仔细核对盖章单位是否与自己的实际实习单位一致。
- 如果存在不一致的情况，应及时与各方沟通，明确各方关系和责任，以避免后续的法律纠纷。
- 如果学生发现自己在实习过程中的权益受到损害，可以寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
综上所述，三方协议和实习证明上面盖的章不是一个单位，并不一定存在问题，但需要根据具体情况来判断。如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师或相关法律机构进行确认。