关于“在执行阶段达成的以物抵债协议没有履行，申请执行人能否申请法院执行以物抵债”的问题，我给出如下解答：

结论：在执行阶段达成的以物抵债协议若未得到履行，申请执行人有权申请法院执行原生效法律文书确定的给付义务，而非直接执行以物抵债协议。

分析说明：

1. 以物抵债协议的性质：

   • 以物抵债协议是在债务清偿期后，双方约定用他种给付代替原定给付的新合同。它并不变更或消灭原债权债务关系，而是基于新合意形成的独立合同。
   • 若债务人未履行该协议，该协议并不自动消灭原债权债务关系。

2. 原生效法律文书的效力：

   • 原生效法律文书（如判决书、调解书等）具有强制执行力。
   • 除非通过法定程序（如再审、撤销等），否则其效力不受后续协议影响。

3. 申请执行人的选择权：

   • 当以物抵债协议未履行时，申请执行人可以选择：一是根据新协议主张继续履行或追究违约责任；二是申请恢复原生效法律文书的执行。
   • 从债权保障角度出发，申请执行人通常有权选择更有利于自己的救济途径。

4. 法律依据与司法实践：

   • 根据《最高人民法院关于执行和解若干问题的规定》第九条，被执行人一方不履行执行和解协议的，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，或就履行执行和解协议向执行法院提起诉讼。这一规定虽针对执行和解协议，但类似原理可适用于以物抵债协议。
   • 在司法实践中，法院一般支持债权人在以物抵债协议未履行时申请执行原生效法律文书。

特殊情况说明：

• 若以物抵债协议已被部分履行，可能在恢复执行原生效法律文书时需扣除已履行部分。
• 若申请执行人选择就协议未履行部分提起诉讼并获胜诉判决，则可依据该判决申请强制执行。

综上所述，申请执行人在以物抵债协议未履行时，有权申请法院执行原生效法律文书确定的给付义务。若您在此类问题上遇到具体困难或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。