针对您提出的“虚开增值税专用发票罪两个单位可不可以不起诉”的问题，以下是对此问题的详细解答：

在涉及虚开增值税专用发票的案件中，是否对两个单位不起诉，需要依据《刑事诉讼法》及相关法律规定，并结合案件的具体情况进行综合判断。一般来说，人民检察院在审查起诉时，会考虑多种因素，包括但不限于犯罪事实、证据情况、犯罪嫌疑单位的悔罪表现以及社会危害程度等。

一、不起诉决定的类型及条件

对于虚开增值税专用发票罪，人民检察院可能作出不起诉决定的情形主要包括：

1. 法定不起诉：

   • 若经侦查发现所谓的“虚开行为”并不存在，或所涉发票虽有形式瑕疵但实质上不属于虚开。
   • 犯罪已过追诉时效期限。
   • 犯罪嫌疑单位在侦查或审查起诉阶段已经注销或不存在。

2. 酌定不起诉：

   • 虚开金额较小，且犯罪嫌疑单位具有自首、立功等从轻、减轻处罚情节的。
   • 非出于骗取国家税款故意，而是因经营管理不善或对税收政策理解有误导致的虚开，且及时纠正并配合调查的。
   • 已赔偿全部税款损失并取得税务机关谅解的。
   • 系初犯，积极配合调查并有真诚悔罪表现的。

3. 证据不足不起诉：

   • 现有证据无法充分证明交易的虚假性，或存在真实交易可能性无法排除的。
   • 不能证明犯罪嫌疑单位明知是虚开行为而故意为之的。

4. 合规不起诉（视具体政策而定）：

   • 企业主动发现并报告虚开行为，积极整改、消除违法经营行为，依法补缴税款、滞纳金和罚款，并承诺不再实施的。

二、两个单位是否可不起诉的具体考量

对于两个单位是否都可以不起诉，需要分别考察每个单位的具体情况，包括：

• 每个单位在虚开行为中的角色和责任大小。
• 每个单位的悔罪表现，如是否主动投案、是否积极补缴税款等。
• 虚开行为对社会造成的危害程度。
• 案件的证据是否充分，能否证明每个单位都明知并参与了虚开行为。

三、结论

因此，对于“虚开增值税专用发票罪两个单位可不可以不起诉”的问题，不能一概而论。人民检察院会根据每个单位的具体情况，综合考虑各种因素，依法作出是否起诉的决定。如果两个单位都符合不起诉的条件，那么都有可能被不起诉；如果其中一个或两个单位不符合不起诉的条件，那么就会被依法起诉。

最后，需要强调的是，即使被不起诉，犯罪嫌疑单位也可能仍需承担行政处罚和民事赔偿责任。因此，建议企业在日常经营中严格遵守税收法规，避免涉及虚开增值税专用发票等违法行为。