公司内部招标文件中不可以不约定付款方式。以下是对此问题的详细分析：

一. 招标文件必须包含实质性要求和条件

1. 根据《中华人民共和国招标投标法》第十九条，招标人应当根据招标项目的特点和需要编制招标文件，且招标文件应当包括招标项目的技术要求、对投标人资格审查的标准、投标报价要求和评标标准等所有实质性要求和条件以及拟签订合同的主要条款。这意味着付款方式作为合同的主要条款之一，应当在招标文件中予以明确。

二. 付款方式不明确的法律后果

1. 若招标文件未明确付款方式，根据《中华人民共和国民法典》第五百一十条和第五百一十一条，合同生效后，当事人可以协议补充；不能达成补充协议的，则按照合同相关条款或交易习惯确定。若仍无法确定，则依据相关法律规定执行，如按照订立合同时履行地的市场价格履行等。但这将增加合同执行的不确定性和风险。
2. 对于招标项目而言，付款方式的明确性对于投标人的决策至关重要。若付款方式不明确，可能导致投标人无法准确评估项目的风险和收益，进而影响其投标决策。

三. 招标文件的澄清与修改

1. 根据《中华人民共和国招标投标法》第二十三条，招标人对已发出的招标文件进行必要的澄清或者修改的，应当在招标文件要求提交投标文件截止时间至少十五日前，以书面形式通知所有招标文件收受人。这表明，如果招标文件初稿中未约定付款方式，招标人仍有责任在截止时间前进行澄清或修改，以确保招标文件的完整性和准确性。

综上所述，公司内部招标文件中不可以不约定付款方式。付款方式作为合同的主要条款之一，对于保障合同双方的权益、确保项目的顺利进行具有重要意义。因此，在编制招标文件时，务必明确付款方式等相关实质性要求和条件。如有进一步需要，您可以继续咨询我。