工资发放不及时，年度自行申报和扣缴义务人仍然有关系。具体分析如下：

一. 工资发放与扣缴义务人的关系

1. 扣缴义务人的定义：根据税法规定，扣缴义务人是指负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人。在工资发放过程中，雇主或单位通常作为扣缴义务人，负责代扣员工的个人所得税等税款。
2. 工资发放不及时的影响：虽然工资发放不及时可能会影响员工的个人资金使用，但从税法角度来看，这并不改变扣缴义务人的责任。无论工资是否及时发放，扣缴义务人都需要按照税法规定，对员工应缴纳的税款进行代扣代缴。

二. 年度自行申报与扣缴义务人的关系

1. 年度自行申报的定义：年度自行申报是指纳税人按照税法规定，在年度终了后，对全年取得的各项所得进行汇总，并自行向税务机关申报纳税的行为。
2. 扣缴义务人在年度自行申报中的角色：即使工资发放不及时，员工在年度自行申报时，仍然需要基于全年实际取得的收入（包括未及时发放的工资）进行申报。而扣缴义务人则需要提供员工全年收入及代扣税款的相关信息，以协助员工完成年度自行申报。
3. 法律责任：如果扣缴义务人未履行代扣代缴义务，或者提供的信息不准确，可能会导致员工在年度自行申报时出现错误，进而引发税务风险。因此，扣缴义务人需要承担相应的法律责任。

综上所述，即使工资发放不及时，年度自行申报和扣缴义务人仍然有关系。扣缴义务人需要履行代扣代缴义务，并提供准确的信息以协助员工完成年度自行申报。如有进一步需要，您可以继续咨询我。