自然人扣缴义务段没有申报别人工资，被自然人申诉的原因通常是没有履行法定的扣缴义务，侵犯了纳税人的合法权益。具体分析如下：

一. 扣缴义务人未履行申报义务

1. 法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条规定：“扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。”
2. 分析说明：如果扣缴义务人未按照法律规定申报他人的工资信息，即未履行其扣缴义务，这将导致纳税人的税收记录不准确，可能影响到纳税人的合法权益，如社保缴纳、个税抵扣等。

二. 纳税人权益受损

1. 实际情况：当扣缴义务人未申报工资时，纳税人可能无法享受到应有的税收优惠政策，或者因为税收记录不准确而面临额外的税收负担。
2. 申诉权利：根据税收相关法律法规，纳税人有权对自己的税收情况进行申诉，以维护自己的合法权益。因此，当扣缴义务人未履行申报义务时，纳税人自然会选择申诉来维护自己的权益。

三. 法律后果

1. 扣缴义务人的责任：如果扣缴义务人未按照规定履行申报义务，税务机关将依法对其进行处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。
2. 对纳税人的影响：虽然扣缴义务人的违法行为会受到处罚，但纳税人的合法权益也应得到保障。在申诉过程中，税务机关会依法处理，确保纳税人的税收记录准确无误。

我建议：作为扣缴义务人，应严格遵守税收法律法规，按时、准确地申报他人的工资信息，以避免不必要的法律纠纷和损失。同时，纳税人也应关注自己的税收情况，如发现异常，应及时向税务机关申诉，维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。