承包工厂食堂员工充饭卡要做到合理合法，需确保充值流程透明、公正，且符合相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

一. 确保充值流程的透明度与公正性

1. 明确充值规则：制定清晰的饭卡充值规则，并公开告知所有员工。规则中应明确充值的时间、地点、方式以及充值金额等关键信息。
2. 设立监督机制：为确保充值过程的公正性，可以设立由员工代表组成的监督小组，对充值过程进行监督。同时，也可以考虑引入第三方审计机构，定期对充值账目进行审计。

二. 遵守相关法律法规

1. 遵守消费者权益保护法：根据《消费者权益保护法》，消费者享有知情权和公平交易权。因此，在充值过程中，应确保员工充分了解充值规则，且充值金额与所提供的餐饮服务价值相符。
2. 遵守税收法规：如果饭卡充值涉及税收问题，应依法纳税，并确保所有税收手续齐全。
3. 遵守支付结算法规：如果饭卡充值采用电子支付等方式，应遵守相关支付结算法规，确保资金安全、合规。

三. 加强内部管理

1. 建立完善的充值记录：每次充值都应详细记录，包括充值时间、充值金额、充值人员等信息，以便后续查询和核对。
2. 加强员工培训：对食堂工作人员进行相关法律法规和充值流程的培训，确保他们了解并遵守相关规定。

综上所述，承包工厂食堂员工充饭卡要做到合理合法，关键在于确保充值流程的透明度与公正性，并严格遵守相关法律法规。同时，加强内部管理也是确保充值合规性的重要环节。我建议在制定充值规则时充分考虑员工的权益和诉求，确保充值过程既方便又合规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。