工程项目代理费是否由业主承担，需根据招标文件、合同条款以及法律法规综合判定。具体分析如下：

一. 有约定按约定

1. 在工程项目招标过程中，招标人（通常为业主）与投标人可通过招标文件或相关合同条款，明确工程项目代理费的承担方。
2. 如果双方明确约定由业主承担工程项目代理费，那么应按照此约定执行。

二. 无约定时按规定

1. 若招标文件和相关合同未对工程项目代理费的承担作出明确约定，则应遵循法律法规和行业惯例。
2. 在缺乏特别规定的情况下，从公平原则及费用与招标活动实施主体的关联性出发，通常由招标人（业主）承担工程项目代理费，因为招标人是招标活动的发起者，代理服务主要是为招标人完成项目招标工作而提供的。

三. 特殊情况的考量

• 具体承担主体还可能受项目性质、当地规定及交易习惯等因素的影响。例如，某些地方政府可能有关于工程项目代理费承担方式的特定规定或政策导向。

四. 避免纠纷的建议

• 为避免后续产生纠纷，双方在招标过程中应充分沟通并明确工程项目代理费的承担方、支付方式等相关细节。
• 建议在合同中详细列明相关条款，确保双方权益得到保障。

我的观点：工程项目代理费的承担主体并不是一成不变的，而是需要根据实际情况和双方约定来判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。