用人单位扣押员工岗位证书是违法的，且将面临一系列严重的后果。

一. 法律责任

1. 行政责任：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条，用人单位若违反规定扣押劳动者居民身份证等证件——这里“等证件”明确包含了岗位证书等个人重要证件，劳动行政部门将责令其限期退还劳动者本人，并依法给予处罚。这意味着，用人单位不仅需要归还证件，还可能面临罚款等行政处罚。

2. 民事赔偿责任：若因用人单位扣押岗位证书导致劳动者遭受实际损失，如无法及时参与项目投标、无法证明专业资质而错失工作机会等，劳动者有权要求用人单位承担赔偿责任。赔偿范围将包括直接经济损失以及合理预见的间接损失。

二. 劳动关系层面影响

1. 劳动合同解除与经济补偿：用人单位的扣押行为严重违反了劳动法律法规，损害了劳动者的合法权益和信任。劳动者有权以此为由解除与用人单位的劳动合同，并要求用人单位按照《劳动合同法》的规定支付经济补偿。经济补偿的标准将依据劳动者在本单位工作的年限来确定。

2. 员工士气与团队稳定性：扣押岗位证书可能导致员工士气低落，甚至引发员工流失。这不仅会影响团队的稳定性，还可能增加用人单位的招聘成本和培训成本。

三. 企业信誉和社会形象 此类违法行为一旦被曝光，将对用人单位的企业信誉和社会形象造成严重的负面影响。在求职者、合作伙伴以及社会公众眼中，这样的企业可能被视为不诚信、不尊重员工权益的企业，从而影响其市场竞争力和业务合作机会。

我建议：用人单位应严格遵守相关法律法规，尊重员工的权益和尊严，避免扣押员工的任何证件。同时，应建立健全内部管理制度，确保员工证件的妥善保管和合法使用。如已发生扣押行为，应立即纠正并主动与劳动者沟通协商解决方案，以减轻可能的法律后果和负面影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。