机关单位社保缴费基数按照最低标准缴纳是不合法的。下面我将对此进行详细分析：

一. 社保缴费基数的法律规定

1. 缴费基数的确定：根据《中华人民共和国社会保险法》第十二条，用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费。这意味着，社保缴费基数应当基于职工的实际工资总额，而非简单地按照最低标准来缴纳。

二. 机关单位的特殊性

1. 应遵守法律规定：尽管机关单位在性质上可能与其他用人单位有所不同，但在社保缴费方面，同样需要严格遵守国家的相关法律规定。
2. 不得擅自降低缴费基数：机关单位不能以其特殊性为由，擅自降低社保缴费基数，否则将违反法律规定。

三. 最低缴费基数的适用情况

1. 非机关单位的情况：对于无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，他们可能按照国家规定缴纳基本养老保险费，但这并不适用于机关单位。

四. 实际操作的建议

1. 合规缴纳：我建议机关单位应严格按照职工的实际工资总额来缴纳社保费，以确保合规性。
2. 避免法律风险：擅自降低缴费基数可能会引发法律风险，包括被相关部门查处、面临罚款等处罚。

综上所述，机关单位社保缴费基数按照最低标准缴纳是不合法的。机关单位应严格按照法律规定，基于职工的实际工资总额来缴纳社保费，以确保合规并避免法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。