工厂开工没按时去上班，若工厂以此为由认定员工自离并扣发工资，这种做法可能违法，具体需根据实际情况判断。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 劳动关系的存在与解除

1. 劳动关系的存在：根据《中华人民共和国劳动合同法》第七条，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。这意味着，只要员工与工厂存在实际的用工关系，就建立了劳动关系。
2. 劳动关系的解除：工厂若要以员工“自离”为由解除劳动关系并扣发工资，必须确保这一做法符合法律规定的解除条件。根据劳动法，用人单位单方面解除劳动合同需要满足特定条件，如员工严重违反规章制度等。

二. 工资支付的规定

1. 工资支付原则：根据劳动法的相关规定，员工提供了正常劳动，用人单位应当按时足额支付工资。
2. 扣发工资的条件：工厂若要扣发工资，必须基于合法、合理的理由，如员工旷工、违反规章制度等，并且扣发金额和方式需符合法律规定。

三. 具体情境分析

1. 若员工有正当理由未按时上班：如因病、因事请假且已提前通知工厂，或工厂未提前通知开工时间导致员工未能按时到岗，此时工厂以“自离”为由扣发工资是不合理的。
2. 若员工无正当理由未按时上班：虽然员工未按时上班可能构成旷工，但工厂仍需按照法律规定的程序处理，不能直接以“自离”为由扣发工资。工厂应首先进行催告，要求员工说明情况或返岗，若员工拒不返岗或说明情况，工厂才能依据规章制度进行相应处理。

综上所述，工厂开工没按时去上班，若工厂直接以“自离”为由扣发工资，可能构成违法。员工应与工厂沟通，要求工厂说明扣发工资的理由，并提供相应的法律依据。若工厂无法提供合理依据，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。