当员工贪污公司资金时，公司可以通过以下步骤来处理民事诉讼：

一、初步应对与证据收集

首先，公司应确认员工的贪钱行为，并尽可能收集相关证据。这些证据包括但不限于财务记录、转账凭证、合同协议、资金流向记录以及账目明细等，以证明公司的损失以及员工的侵权行为。证据的充分性和准确性对于后续的诉讼过程至关重要。

二、考虑刑事程序

由于员工贪钱行为可能涉嫌职务侵占罪等刑事犯罪，公司发现后应先向公安机关报案，由其立案侦查。在刑事程序进行中，公司应积极配合司法机关的调查，提供必要的证据和信息。这一阶段主要是为了追究员工的刑事责任，同时也为公司后续的民事诉讼奠定基础。

三、提起民事诉讼

1. 准备起诉材料：在刑事程序有了一定进展或结案后，公司可以根据情况考虑是否通过民事诉讼进一步追讨损失。此时，公司需要准备起诉状，写明原、被告信息、诉讼请求（如返还贪污款项及利息）、事实与理由等。

2. 提交起诉并参加诉讼：将起诉状及相关证据提交给有管辖权的法院，并按照法院的要求参加诉讼过程。这包括提供证据、参加庭审、进行辩论等。

3. 等待判决与执行：法院会根据事实和法律进行审理，并作出判决。如果公司胜诉，可以通过强制执行程序让员工返还贪污款项。

四、注意事项

1. 诉讼时效：请务必注意民事诉讼的时效问题，以免因超过时效而丧失胜诉权。

2. 刑事附带民事诉讼：在某些情况下，公司可以考虑通过刑事附带民事诉讼的方式，在刑事诉讼的同时追讨损失。

3. 法律咨询：在整个过程中，建议公司寻求专业律师的法律咨询和帮助，以确保诉讼过程的顺利进行和权益的有效维护。

综上所述，处理员工贪污公司资金的民事诉讼需要公司充分准备证据、积极配合司法机关调查、并遵循法律程序进行诉讼。通过合理的诉讼策略和法律手段，公司有望追回损失并维护自身权益。