事业单位员工旷工是否会被定为不合格，主要取决于单位内部的规章制度以及旷工的具体情节。以下是对此问题的详细分析：

一. 事业单位规章制度的决定性作用

1. 规章制度的重要性：事业单位内部通常会制定一系列的规章制度，用于规范员工的行为。这些规章制度中，往往会明确员工旷工的处理方式及后果。
2. 不合格的定义：员工是否被定为不合格，通常依据的是这些规章制度中的具体条款。如果规章制度中明确规定旷工达到一定天数或次数将被定为不合格，那么员工旷工就有可能面临这样的后果。

二. 旷工的具体情节

1. 旷工天数与次数：旷工的天数和次数是判断员工是否合格的重要因素。一般来说，旷工天数越多，次数越频繁，被定为不合格的可能性就越大。
2. 旷工的原因与影响：虽然旷工本身是不被鼓励的行为，但旷工的原因和由此产生的影响也可能影响最终的判定。例如，如果员工因不可抗力因素（如突发疾病、家庭紧急事务等）导致旷工，且事后能够及时说明情况并补办相关手续，那么被定为不合格的可能性可能会降低。

三. 法律依据与单位自主权

1. 法律依据：虽然《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规并未直接规定事业单位员工旷工多久会被定为不合格，但这些法律法规赋予了用人单位制定规章制度的权利，并规定了员工严重违反规章制度时用人单位可以解除劳动合同。
2. 单位自主权：事业单位在遵守法律法规的前提下，有权根据自身的实际情况制定具体的规章制度，包括对员工旷工的处理方式及后果。

综上所述，事业单位员工旷工是否会被定为不合格，主要取决于单位内部的规章制度以及旷工的具体情节。我建议员工应严格遵守单位的规章制度，避免旷工行为的发生。同时，事业单位也应确保规章制度的合理性和公正性，以保障员工的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。