迟到加倍扣罚的规章制度在多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据我国《行政处罚法》的规定，一般用人单位不具有罚款权。罚款是《行政处罚法》赋予国家执法机关的权力。因此，除非是被具有行政处罚权的行政机关委托的特殊组织，否则普通用人单位不能对其劳动者进行行政处罚。
   • 《劳动合同法》也规定，订立劳动合同时应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。用人单位在制度修改或者决定有关劳动报酬、劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项时，应当经职代会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。

2. 规章制度的有效性：

   • 如果用人单位制定的规章制度未履行上述民主程序和公示要求，则对员工的违纪罚款制度是无效的。
   • 即使规章制度中规定了迟到加倍扣罚的条款，但如果该条款未经员工同意或未履行民主程序，用人单位也不能据此对员工进行处罚。

3. 实践中的处理：

   • 用人单位在管理员工时，应当摒弃“罚款”这类简单粗暴的方式方法，而选用风险更小、更有利于促进劳资关系和谐的管理模式。
   • 对于员工的迟到行为，用人单位可以通过其他方式进行管理，如设置合理的考勤制度、进行绩效考核等。

综上所述，迟到加倍扣罚的规章制度在多数情况下是不合法的。用人单位在制定规章制度时，应当确保其内容的合法性和程序的合规性，并选用更加合理和有效的管理方式来管理员工。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。