房产共有人自行协议房产份额比例签字约定是有效的。但为了确保其法律效力，需要满足一定的条件。

首先，这份协议必须是房产共有人之间真实、自愿的意思表示，不能存在欺诈、胁迫等违法情形。其次，协议内容应明确、具体，清晰载明各共有人对房产所占的份额比例，以及可能涉及的其他相关权利义务。最后，协议一般应当采用书面形式，并由所有共有人签字或盖章确认，以确保其真实性和可追溯性。

在实际操作中，如果房产共有人之间能够达成一致的协议，并且该协议符合上述条件，那么这份协议在法律上就是有效的。它不仅可以作为房产共有人之间分配房产份额的依据，还可以在发生争议时作为解决纠纷的重要证据。

然而，也需要注意一些特殊情况。比如，如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在其他导致协议无效的情形，那么这份协议就可能会被认定为无效。此外，如果房产涉及抵押、查封等限制情况，也可能影响协议的效力。

因此，在签订房产份额比例协议时，建议房产共有人充分协商、谨慎考虑，并咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。