长期在集装箱工作是否可以起诉公司，这个问题涉及多个方面，我们需要具体分析。

首先，长期在集装箱工作本身并不是起诉公司的直接理由。是否可以起诉公司，主要取决于公司是否存在违法行为或侵害了员工的合法权益。

1. 如果公司违反了劳动法规：
   • 比如未提供符合安全卫生标准的工作环境，导致员工健康受损；
   • 或者未按照法律规定支付加班费、工资等；
   • 又或者存在其他违反劳动法规的行为，如未签订劳动合同、未缴纳社会保险等。

在这些情况下，员工可以依法向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁、诉讼，维护自己的合法权益。

1. 如果公司没有违反劳动法规：
   • 仅仅是因为员工个人不喜欢在集装箱工作，或者觉得工作环境艰苦，这并不能构成起诉公司的理由。
   • 在这种情况下，员工可以通过与公司沟通、协商，或者寻求其他职业机会来解决问题。

另外，还需要注意的是，起诉公司需要有一定的证据支持。员工在提起诉讼前，应该收集好相关证据，如工资单、加班记录、工作环境照片、医疗证明等，以证明公司存在违法行为或侵害了员工的合法权益。

综上所述，长期在集装箱工作并不是起诉公司的直接理由。是否可以起诉公司，主要取决于公司是否存在违法行为或侵害了员工的合法权益。如果你认为公司存在违法行为或侵害了你的权益，建议你先咨询专业律师（比如我），了解具体的法律程序和维权方式。