当您在申请工伤过程中遇到证人不配合的情况时，可以采取以下措施来应对：

首先，尽可能收集其他证据来支持您的工伤申请。证据可以包括但不限于医疗记录、事故现场照片、工作日志、监控录像等。这些证据能够为您的工伤申请提供有力的支持，即使某些证人不愿意配合。

其次，尝试与证人进行沟通，了解其不愿意配合的原因。有时候，证人可能因为担心影响工作关系或其他原因而不愿意提供证言。如果可能的话，您可以向证人解释工伤申请的重要性，并承诺对其提供的证言保密，以消除其顾虑。

如果证人仍然不愿意配合，您可以向用人单位或相关部门寻求帮助。用人单位有责任协助员工进行工伤申请，并应提供必要的支持和配合。同时，您也可以向当地的社会保险行政部门或劳动仲裁机构咨询，了解在证人不配合的情况下如何继续推进工伤申请。

最后，如果因为证人不配合导致您的工伤申请遇到困难，您不要放弃。您可以寻求法律援助或咨询专业的劳动法律师，了解更多的法律途径和解决方案。记住，维护自己的合法权益是每位员工的权利，您有权获得应有的工伤赔偿和安置。

总之，面对证人不配合的情况，您应保持冷静，积极寻找其他证据，与证人沟通，寻求用人单位和相关部门的帮助，并在必要时寻求法律援助。这样，您将能够更好地维护自己的合法权益。